Een typische Shiatsu behandeling duurt een uur alhoewel de eerste afspraak wat langer kan duren om de achtergrond van de cliënt en de cliënt zelf te leren kennen.
De therapeut maakt gebruik van diverse diagnosetechnieken om een behandelingsplan op te stellen zoals gezichtsdiagnose, haradiagnose, het voelen van specifieke meridiaanpunten, body reading enz.
Een Shiatsu behandeling wordt gegeven op een massagetafel of op een futon op de vloer en de cliënt blijft gewoonlijk volledig gekleed in losse comfortabele kleding. Bij enkele Shiatsu technieken moet de cliënt zich gedeeltelijk uitkleden, bij voorbeeld bij moxibustion (het toepassen van hitte door middel van brandend bijvoetkruid) of bij het toepassen van hete compressen.
Na de behandeling geeft de therapeut vaak oefening-, bewegings-, voedings-, en/of lifestyle-advies aan de cliënt om zijn of haar conditie verder te verbeteren.
Het is moeilijk op voorhand te weten hoe lang een therapie gaat duren. De ernst van de klachten en de respons van de cliënt op de Shiatsu is bepalend voor het aantal behandelingen.
